Traphaco đã bị Cục Thuế Hà Nội phạt và truy thu thuế với các hành vi khai sai dẫn đến tăng số tiền thuế được hoàn, thiếu số thuế phải nộp, sử dụng hóa đơn, chứng từ bất hợp pháp...
Các doanh nghiệp dược tư nhân đang là nhóm hoạt động hiệu quả nhất ngành với biên lãi gộp dao động trong khoảng 30-50%, cao hơn nhiều so với các ngành sản xuất khác trong nước.