Dù đã được quy định trong Luật, nhưng trong thực tiễn triển khai, việc tổ chức và hoạt động của các mô hình cơ sở giáo dục đại học cũng nảy sinh một số vướng mắc, bất cập.
Trong thực tiễn triển khai thi hành Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Giáo dục Đại học, việc tổ chức và hoạt động của mô hình ĐH cũng nảy sinh một số vấn đề vướng mắc, bất cập cần được tháo gỡ ngay về cơ cấu tổ chức của ĐH; mối quan hệ, liên kết giữa các đơn vị thành viên, đơn vị thuộc và trực thuộc trong ĐH.