Trưởng thành từ đội trẻ Hertha Berlin, Boateng bắt đầu gây dựng sự nghiệp vững chắc khi được đôn lên đá cho đội 1 của đội bóng thành Berlin. Từ bệ phóng mang tên Hertha Berlin, trung vệ mang trong người hai dòng máu: Đức và Ghana dần nâng tầm khi chuyển tới chơi cho những CLB như Hamburg, Manchester City và hiện tại là Bayern Munich.