Nhiều tranh cãi diễn ra liên quan đến những cáo buộc chi tiêu bất thường, việc địa điểm thi đấu chưa hoàn thành cũng như việc vận động viên không được đón tiếp và hỗ trợ chu đáo.
Ông Duterte nói muốn điều tra mọi khía cạnh trong việc tổ chức SEA Games sau khi nhiều đoàn thể thao nước ngoài lên tiếng về sự lộn xộn, thiếu chuyên nghiệp của nước chủ nhà.