Vùng 5 Quân chủng Hải quân có nhiệm vụ quản lý, bảo vệ chủ quyền vùng biển, đảo phía Tây Nam của Tổ quốc, từ cửa Gành Hào (tỉnh Bạc Liêu) đến thành phố Hà Tiên (tỉnh Kiên Giang), vùng tiếp giáp giữa Việt Nam với Indonesia, Malaysia, Thái Lan và Campuchia.