Ngoài hàng loạt những lỗ hổng lớn như xác định không chính xác giá trị công trình BT (xây dựng- chuyển giao), giá trị quỹ đất thanh toán gây nguy cơ thất thoát lớn, chưa bảo đảm công khai, minh bạch, cạnh tranh trong lựa chọn nhà đầu tư thực hiện dự án, thì nhiều dự án BT đã triển khai tại Hà Nội và một số địa phương còn cho thấy hiệu quả của công trình rất thấp sau khi đi vào hoạt động.
Cùng với thiếu sót, sai phạm từng được Thanh tra Chính phủ chỉ ra, sau một thời gian đưa vào sử dụng, nhiều dự án BT (xây dựng chuyển giao) tại Hà Nội còn bộc lộ nhiều bất cập. Quỹ đất được thanh toán được các chủ đầu tư triển khai nhiều khu đô thị thu lợi lớn, trong khi các dự án giao thông đang phát sinh tình trạng ùn tắc do triển khai thiếu đồng bộ, thiếu kết nối.
Sự quản lý lỏng lẻo, thậm chí có phần làm ngơ của một số cơ quan chức năng đã khiến các dự án BT tại Hà Nội bị 'méo mó', đại diện Hiệp hội Quy hoạch và phát triển đô thị Hà Nội nhận định.