Tiểu ban lưu vực sông Cửu Long và Tiểu ban lưu vực sông Sê San-Srêpốk có trách nhiệm nghiên cứu, đề xuất giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, liên quốc gia trên lưu vực sông.