Là tài sản quốc gia và có nhiệm vụ đảm bảo an toàn chạy tàu, tuy nhiên do không được duy tu, bảo dưỡng theo định kỳ nên hiện hệ thống đường sắt chạy qua cầu Thăng Long, Long Biên đang xuống cấp trầm trọng. Việc này đang đe dọa đến an toàn chạy tàu và tuổi thọ công trình nhà nước.
Theo dự toán hàng năm, phần vốn ngân sách dành cho bảo trì phân về đường sắt là 2.800 tỷ đồng, nhưng tới thời điểm này vẫn chưa được giao về Tổng công ty Đường sắt Việt Nam khiến đơn vị rơi vào cảnh nợ lương, hết tiền chạy tàu.