Bắc Yên là huyện vùng cao, điều kiện thời tiết khắc nghiệt, địa hình chủ yếu là đồi núi dốc, việc phát triển nông nghiệp có nhiều bất lợi. Những năm qua, huyện Bắc Yên đã tích cực thực hiện chuyển đổi cơ cấu cây trồng, từng bước phát triển nông nghiệp theo hướng sản xuất hàng hóa, giải quyết việc làm và nâng cao đời sống của nhân dân.