Bên cạnh nguyên nhân do một số quy định pháp luật, quy chuẩn, tiêu chuẩn, định mức, đơn giá còn bất cập, chưa theo kịp yêu cầu phát triển thì nguyên nhân chủ yếu là việc tổ chức thực hiện. Trong đó có kỷ luật, kỷ cương trong tổ chức thực hiện chưa nghiêm; có hiện tượng buông lỏng quản lý, nể nang, né tránh tại nhiều cơ quan, đơn vị, địa phương.
Vừa qua, Tổng công ty Đầu tư Phát triển Nhà và Đô thị (HUD) bị đề xuất thực hiện thủ tục chấm dứt dự án Khu đô thị Thanh Lâm - Đại Thịnh 1 và dự án Khu đô thị Mê Linh - Đại Thịnh.