Được thành lập theo Quyết định của UBND TPHCM ngày 28-12-2016, Quỹ Hoa sen do một nhóm những nhà hoạt động văn hóa, giáo dục đồng sáng lập. Dự án mở đầu của quỹ là xây dựng Thư viện Nguyễn An Ninh với mong muốn đây sẽ là thư viện học thuật tư nhân chuyên đề Nam bộ đầu tiên tại Việt Nam.