Trong năm 2016-2017, chương trình hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo do Sở Khoa học và Công nghệ TP. Hồ Chí Minh chủ trì, Trung tâm Tiết kiệm năng lượng liên tục được giao thực hiện nhiều nhiệm vụ với tổng kinh phí nhiều tỷ đồng ngân sách.
Năm 2018, Thanh tra TP. Hồ Chí Minh đã chỉ ra 2 đơn vị thuộc Sở Khoa học và Công nghệ TP. Hồ Chí Minh có nhiều sai sót liên quan đến lĩnh vực tài chính lên đến nhiều tỷ đồng nhưng Sở này đa đề xuất không thu hồi số tiền đã chi sai.
Dự án Nâng cao năng suất và chất lượng sản phẩm, hàng hóa của doanh nghiệp TP. Hồ Chí Minh do Sở Khoa học và Công nghệ quản lý từ năm 2016 đến năm 2020 tiêu tốn hàng chục tỷ đồng nhưng có nhiều tiêu chí không không đạt.