Dù được nói đến rất nhiều nhưng liên kết vùng vẫn tồn tại những thách thức. Sự hợp tác, liên kết giữa các địa phương mang tính đơn lẻ, chưa khai thác, phát huy hết tiềm năng, thế mạnh của từng địa phương và chưa đa dạng...
Việc tìm đầu ra cho sản phẩm tại thị trường trong nước được các doanh nghiệp, hợp tác xã rất quan tâm. Tuy vậy, họ vẫn đang loay hoay trong việc đáp ứng các tiêu chí, điều kiện để đưa sản phẩm vào các hệ thống siêu thị, kênh phân phối chuỗi cửa hàng thực phẩm uy tín trong nước, thay vì bán cho tư thương và các chợ đầu mối.