Chùa Diệu Đế đã trải qua nhiều đợt trùng tu với sự bảo trợ của vương triều nhà Nguyễn, mà gần nhất là của Thái hậu Từ Cung (mẹ của vua Bảo Đại) vào năm 1953. Toàn bộ việc trùng tu nhằm đảm bảo gìn giữ các giá trị vốn có của ngôi quốc tự này, trong đó có tác phẩm độc đáo 'Long vân khế hội'.
Bức 'Long vân khế hội' là một tuyệt tác trên trần chánh điện cũ Diệu Đế quốc tự sau khi được dịch chuyển lùi phía sau hiện đang được bảo tồn khá tốt trước sự ngỡ ngàng của nhiều người. Bức tranh từng là đề tài được tranh luận sôi nổi nhiều năm về trước về việc giữ lại chánh điện cũ hay hạ giải. Việc hạ giải cũng đồng nghĩa xóa sổ tuyệt tác này.