Theo thống kê, tại Hà Nội có hơn 25.000 cây xanh gãy, đổ do bão số 3, trong đó có nhiều cây cổ thụ. Hiện nay, TP Hà Nội đang nỗ lực giải tỏa, phân loại, tìm cách cứu cây theo chỉ đạo của lãnh đạo thành phố. Theo đó, những cây có thể cứu được thì cố gắng cứu, chăm sóc; những cây không thể cứu mới cưa bỏ. Công tác khắc phục gặp nhiều khó khăn do trời liên tục mưa nhưng các lực lượng vẫn đang được triển khai tích cực, khẩn trương.
Do ảnh hưởng của cơn bão YAGI, cây đa phía sau đền Bà Kiệu (mặt phố Lò Sũ) đã bị bật gốc trước sức gió khủng khiếp, gây thiệt hại đến công trình phụ trợ. Ban Quản lý di tích danh thắng Hà Nội tích cực phối hợp với lực lượng chức năng để nhanh chóng khắc phục hậu quả sau bão.