Áp xe não do amip là bệnh lý nguy hiểm do vậy cần đề cao việc phòng ngừa. Chủ yếu mọi người cần lưu ý vấn đề vệ sinh và ăn uống hàng ngày.
Áp xe não do amip thường dễ nhầm lẫn với viêm màng não ở giai đoạn đầu do vậy dễ điều trị không đúng phác đồ. Tỷ lệ tử vong đối với bệnh nhân áp xe não do amip khá cao, di chứng để lại nặng nề.