Hội đồng Y khoa Quốc gia hoạt động theo nguyên tắc tập thể, dân chủ, độc lập, công khai, minh bạch khi thực hiện các nhiệm vụ của Hội đồng, bảo đảm đúng quy định của pháp luật.
Theo Quy chế tổ chức và hoạt động của Hội đồng Y khoa Quốc gia, Hội đồng có Chủ tịch, Phó Chủ tịch và ủy viên Hội đồng. Chủ tịch Hội đồng là Lãnh đạo Bộ Y tế kiêm nhiệm. Các Phó Chủ tịch Hội đồng gồm: 01 Phó Chủ tịch Thường trực hoạt động chuyên trách, 01 Phó Chủ tịch là Cục trưởng Cục Quản lý Khám, chữa bệnh thuộc Bộ Y tế kiêm nhiệm và 01 Phó Chủ tịch là Cục trưởng Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo thuộc Bộ Y tế kiêm nhiệm.