Sau hợp nhất, Thanh tra TPHCM đã tổ chức 72 đoàn thanh tra, kiểm tra. Qua đó phát hiện sai phạm về kinh tế và kiến nghị thu hồi khoảng 22 tỷ đồng; kiến nghị xử lý hành chính 5 tổ chức và 15 cá nhân, chuyển cơ quan điều tra 3 vụ.