Vật tư đầu vào đạt chuẩn có vai trò quan trọng đối với chất lượng nông sản hữu cơ, song nguồn cung, giá thành và khả năng kiểm soát chất lượng vẫn là những thách thức đối với người sản xuất. Tháo gỡ các điểm nghẽn này đòi hỏi sự phối hợp giữa doanh nghiệp, hiệp hội và nông dân nhằm xây dựng chuỗi cung ứng vật tư minh bạch, ổn định và đáp ứng yêu cầu sản xuất hữu cơ.
Để được chứng nhận hữu cơ, doanh nghiệp phải chuẩn bị hồ sơ, chứng minh điều kiện sản xuất và trải qua quá trình chuyển đổi và được đánh giá toàn bộ hệ thống sản xuất theo tiêu chuẩn áp dụng. Việc hiểu rõ từng bước sẽ giúp cơ sở sản xuất chủ động về thời gian, chi phí và kế hoạch khắc phục những điểm chưa phù hợp.