Hội đồng điều phối Vùng Thủ đô do một Phó Thủ tướng Chính phủ làm Chủ tịch, có nhiệm vụ tham mưu cơ chế, chính sách đối với các dự án trọng điểm có quy mô vùng và có tính chất liên kết vùng.